Všeobecne by sa dalo napísať, že čím novšie C-čko, tým menej problémov. Neplatí to však vždy. Výnimkou sú niektoré benzínové motorizácie, pri ktorých sa spoľahlivosť paradoxne zhoršila a dôležité je si dať pozor aj na vozidlá šlendriánsky opravené po nehodách alebo vozidlá s naoko malým počtom najazdených kilometrov, ktoré prešli úpravou tachometra nepoctivým predajcom.
Pri prvých ročníkoch bola nezriedka zdrojom problémov dvojzónová klimatizácia, ktorá nereagovala napríklad na zníženie teploty z dôvodu prasknutého ovládania klapky regulujúceho miešania teplého a studeného vzduchu. Výrobca tento problém odstránil, klapku zosilnil a problémy vymizli.
Pri vozidlách vyrobených v rokoch 2003-2004 sa v interiéri objavili chybné spony predných bezpečnostných pásov. Ich výmena sa stala predmetom zvolávacej akcie, takže problém by mal byť tiež vyriešený.
Najmä prvé ročníky nezriedka pohnevala štrajkujúca elektronika (rôzne falošné chybové hlásenia ESP, BAS, ručná brzda), známe sú aj problémy so spínacou skrinkou a nepresný palivomer.
Zriedkavosťou nie je ani korózia (hlavne pri prvých ročníkoch). Tá postihuje najmä lemy blatníkov a spodné hrany dverí. Tiež treba skontrolovať stav otvorov pre odtok vody pod čelným sklom, ktoré uvidíte po otvorení kapoty. Znečistené otvory totiž zamedzujú vode odtekať, čo spôsobuje koróziu okolo predného okna. Ak sa situácia dlhodobo nerieši, cez koróziu postupne preniká voda aj na elektroinštaláciu, čo spôsobuje následné problémy.
V prípade podvozku si treba dať pozor na rôzne búchavo klepavé zvuky, ktoré prezrádzajú nadmerné vôle v zavesení najmä prednej nápravy. Pri väčšom počte kilometrov sa porúčajú aj horné uloženia predných tlmičov a vznikajú vôle aj v zadnej náprave.
Častejšie v prípade benzínových motorov pred modernizáciou sa vyskytuje chybný snímač hmotnosti vzduchu, čo sa prejavuje menším výkonom a vyššou spotrebou. Celkovo sa pri benzínových motoroch s väčším nájazdom môže vyskytovať porucha zapaľovacej cievky, čo sa prejavuje nepravidelným chodom motora, slabším ťahom či vyššou spotrebou. Objavuje sa taktiež porucha lambda sondy či katalyzátora.
Pri agregátoch radu M271 s objemom 1,8 pozor na podpaľovanie ventilových sediel vinou nadmerného usadzovaniu karbónu. Poruchu prezradí nerovnomerný chod motora, vysoká spotreba a slabší ťah. Na vine je konštrukčná chyba, ale aj zanedbaná údržba-dlhé výmenné intervaly oleja, či nevhodný motorový olej. Niekedy pomôže odstránenie karbónu a úprava hlavy u odborníka, v pokročilom štádiu je však nutná výmena hlavy valcov.
Pri benzínových štvorvalcoch M271 a šesťvalcoch M272 sa vyskytuje problém s rozvodovým mechanizmom. Vinou málo odolného materiálu sa predčasne opotrebuje ozubené koleso, následne sa opotrebuje a vyťahá samotná reťaz a od nich aj ozubené kolesá vačkových hriadeľov, ktoré sú súčasťou mechanizmu variabilného časovania ventilov-nastavovania vačiek.
Zo začiatku sa problém prejavuje obvykle chrastením reťaze a vyššou hlučnosťou najmä po studenom štarte, vtedy postačí vymeniť komplet rozvody. V pokročilejšom štádiu je však nutné vymeniť aj mechanizmus nastavovania vačiek, čo opravu výrazne predraží. Pri dlhodobom zanedbávaní problému sa postupne mechanizmu tak opotrebuje, že reťaz preskočí a nastane deštrukcia motora. Odporúča sa najneskôr každých 150 000 km nechať skontrolovať rozvodový mechanizmus uchom aj okom naozaj skúseného mechanika.
Občas sa vyskytujú aj problémy s vírivými klapkami v sacom potrubí. Pri väčšom nájazde sa môže objaviť väčšia spotreba oleja, väčšinou v dôsledku poruchy resp. zanesenia separátora odvetrania kľukovej skrine, pri väčšom nájazde aj z dôvodu nadmerného opotrebovania piestnych krúžkov.
V prípade dieselových motorov sa pri väčšom nájazde (obvykle nad 300 000 km) môžu vyskytnúť vyťahané rozvodové reťaze, čo sa prejavuje zdĺhavejším studeným aj teplým štartom. Niekedy sa vyskytnú aj nadmerne opotrebované ložiská kľukového hriadeľa. Pri väčšom nájazde sa objavujú aj nadmerne opotrebované turbodúchadlá, čo prezrádza vyššia spotreba motorového oleja, prienik oleja do sacieho traktu, vyššia dymivosť, hlučnosť-pískanie a slabší/kolísavý výkon motora. Občas vie odísť relátko žeraviacich sviečok-vozidlo nenaštartuje a s pribúdajúcimi kilometrami sa zvyšuje aj riziko poruchy servomotora, resp. mechanizmu ovládania vírivých klapiek sacieho potrubia.
Dieselové motory pri väčšom nájazde postihuje aj problém s nadmerne opotrebovanými vstrekovačmi, čo sa prejavuje hrubším-nerovnomerným chodom motora, obtiažnejšími studenými štartami či slabším ťahom a vyššou spotrebou. Nadmerne opotrebovaný dvojhmotový zotrvačník sa prejavuje nadmernými vibráciami, trhavým rozjazdom či zvýšenou hlučnosťou pri akcelerácii z nižších otáčok. Veľký nájazd prezrádzajú aj úniky/priesaky nafty pod snímačom tlaku v zásobníku z dôvodu zlého tesnenia, tiež sa vyskytujú tečúce/opotrebované vysokotlakové čerpadlá common-railu motorov CDI, nefunkčný termostat a občas aj prasknutá hadica turbodúchadla.
Najmä pri starších dieselových motoroch je pomerne častým javom zápach nafty, ktorý je dôsledkom netesných palivových vedení v motorovom priestore. Častejšie pri starších dieselových motoroch sa môže pri väčšom nájazde alebo neodbornej montáži vyskytovať aj netesnosť okolo osadenia vstrekovačov, čo spôsobuje, že kompresný tlak potom vytláča vstreknutú naftu a okolo vstrekovačov (pod vekom ventilov) sa hromadí čierna zapáchajúca usadenina. Postupom času, ak nie je únik nafty okolo vstrekovačov riešený, môže nahromadený karbón poškodiť aj samotnú hlavu valcov.
V prípade dieselových motorov vybavených DPF filtrom sa neodporúčajú kratšie jazdy so studeným motorom, kedy sa filter nestihne kvalitne regenerovať a hrozí predčasné zanesenie. Problémy s DPF filtrom sa prejavujú napr. nadmerným dymením počas regenerácie, alebo svietiacou kontrolkou či prechodom do núdzového režimu.
V prípade šesťstupňovej manuálnej prevodovky sa môže vyskytnúť opotrebovaná synchronizácia a vyskakovanie rýchlostných stupňov (najmä u prvých ročníkov).
Pri automatických prevodovkách si treba dať pozor na stav a priebeh radenia (musí byť hladký, bez trhania a rôznych pazvukov-špeciálne treba overiť radenie na I. a II. stupeň a spiatočku). Častejšie pri staršej 5G-Tronic dochádza občas k úniku oleja okolo svorkovnice a tiež okolo tesnenia príruby. Pozor si treba dať na samotný proces radenia a ak prevodovka radí trhano, je to možný prejav pripečených lamiel. To dochádza najmä pri veľkom počte najazdených kilometrov, alebo v prípade znehodnotenia prevodového oleja chladiacou kvapalinou, ktorá sa môže do prevodovky dostať cez výmenník (chladič) olej – voda. Vinou je buď samotné poškodenie chladiča vo vnútri, ale aj nedodržanie postupov pri výmene prevodového oleja. Problém sa prejavuje vibrovaním pri jemnom plyne, naopak pri prudšom pridaní vibrovanie ustane. Našťastie sa dá aj takáto poškodená prevodovka repasovať, oprava však nie je lacná a stojí cca 2000 €. Všeobecne je ale menej spoľahlivejšia a citlivejšia 7G-Tronic.
Odporúča sa meniť olej v prevodovke každých 60 000 km, čo priaznivo vplýva na životnosť komplikovanej mechatroniky, ale aj samotného meniča. Na životnosť prevodovky značne vplýva aj sila motora, takže najmä v prípade silných motorov to netreba preháňať s častým šliapaním na akceleračný pedál (tzv. kick down). V opačnom prípade sa môžu predčasne porúčať lamely (prehriatie-spálenie ich povrchu) resp. premostenie meniča – nadmerné opotrebovanie uzatváracej spojky hydrodynamického meniča-nutná oprava iba meniča. Pri väčšom nájazde sa môže objaviť problematické radenie rýchlostí, zvyčajne z dôvodu zlyhania riadiacej jednotky. RJ dokážu vymeniť autorizované servisy len novú, zopár špecialistov dokáže vymeniť aj použitú a odblokovať uložený kód imobilizéru z pôvodného vozidla.